Lo IUSS-Pavia nasce nel 1997 con la firma dell'Accordo di Programma con il Ministero dell'Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica, all'interno di un sistema unico nel paese che può vantare la presenza storica dell'Università degli Studi di Pavia e dei grandi Collegi universitari. A fronte di una ampia e qualificata attività l'8 Luglio 2005 il Ministro dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca ha firmato il Decreto istitutivo che riconosce lo IUSS di Pavia quale "Scuola Superiore ad ordinamento speciale" assieme alle già esistenti Scuola Normale Superiore di Pisa, Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa, SISSA di Trieste. Unica realtà nel suo genere in Lombardia, la Scuola Superiore IUSS si propone di contribuire alla valorizzazione dei giovani di talento, offrendo loro, nella fase degli studi pre e post-laurea, percorsi formativi di alta qualificazione. Lo IUSS si propone altresì di contribuire al progresso della scienza, curando la formazione dei giovani alla ricerca e sviluppando programmi di ricerca scientifica.